Bacteriële faeces PCR

« Terug naar de afdelingspagina van het CBSL

Geachte collega,

Afgelopen jaar heeft het CBSL onderzoek gedaan naar het aantonen van bacteriële ziekteverwekkers in faeces d.m.v. moleculaire diagnostiek (PCR).
Het gaat hier om een screening van ingezonden faeces-monsters van patiënten met diarree/gastro-enteritis ten gevolge van een infectie met Salmonella/Shigella/Yersinia/Campylobacter (SSYC) species. Het doel van ons onderzoek was om een snellere en gevoeligere methodiek voor de detectie van de meest voorkomende bacteriële faeces-pathogenen te ontwikkelen.

Uit de klinische validatie die we hebben uitgevoerd, is gebleken dat de screening voor SSYC met PCR minstens zo gevoelig en specifiek is als de banale kweek van faeces voor bacteriën. Met name voor Campylobacter species blijkt de gevoeligheid van de PCR hoger te liggen dan die van de kweek. Daarnaast vinden we in de PCR ook de zogenaamde enteroinvasieve E coli-stammen (EIEC), nauw verwant aan Shigella species, die we in de routine niet kweken, maar wel degelijk gastro-enteritis kunnen geven met name bij reizigers uit ontwikkelingslanden.
Gemiddeld vinden wij bij ongeveer 12% (in de kweek, 16% in de PCR) van alle ingestuurde faeces monsters een bacteriële verwekker, passend bij de klachten van de patiënt. Dat betekent dat bij ongeveer 85% van de patiënten geen bacteriële pathogeen aangetoond kan worden, en deze kweek na een bewerking van 4 dagen negatief uitgeslagen wordt.

Ons laboratorium zal binnenkort overstappen op het screenen van faeces op bacteriële ziekteverwekkers d.m.v. PCR. Indien de bacteriële faeces PCR positief is, zal de kweek uitgewerkt worden om van de verwekker een resistentiepatroon te verkrijgen. Bij een positieve screenings-PCR, zult u een voorlopige uitslag ontvangen met de aangetoonde verwekker en de mededeling dat de kweek nog in bewerking is. Aangezien de PCR gevoeliger is dan de kweek zal het niet in alle gevallen mogelijk zijn om de verwekker te kweken. De definitieve uitslag luidt dan: positief in de PCR voor betreffende bacterie, negatief in de kweek.

Voordeel van deze nieuwe werkwijze is dat u sneller een uitslag van de faeces ’kweek’ zult ontvangen en de gevoeligheid van de PCR iets hoger ligt dan die van de kweek. Nadeel is dat met PCR zeer gericht gekeken wordt naar de meest voorkomende bacteriële ziekteverwekkers van diarree/gastro-enteritis, namelijk: Salmonella/Shigella-EIEC/Yersinia/Campylobacter species.

Op het CBSL-aanvraagformulier kunt u, naast de SSYC-aanvraag, indien de kliniek hiertoe aanleiding geeft, ook gericht verzoeken om onderzoek naar E. Coli O157 (enterohaemorragische E. Coli), naar enteropathogene E. Coli of naar een Clostridium-infectie in faeces. Deze aanvragen zullen apart van de screenings-PCR op SSYC in behandeling worden genomen.

Bijgaand vindt u een tabel als leiddraad bij het aanvragen van diagnostiek voor diarree, met verdenking op een (acute) bacteriële infectie.

¹ Er moet rekening worden gehouden met de verwekkers die niet in de PCR gedetecteerd worden. Het betreft dan onder andere Aeromonas-, Plesiomonas-, Vibrio species bij bijvoorbeeld reizigers, of na oppervlaktewatercontact.
² Indien een patiënt recent een bezoek aan tropen heeft gebracht, verminderde afweer heeft, opgenomen is geweest in het ziekenhuis, of chronische diarree heeft (langer dan 14 dagen) kan het dus zinvol zijn de faeces op minder voorkomende bacteriële verwekkers te laten onderzoeken (en evt. op virale en/of parasitaire verwekkers).

Voor het insturen van bacteriële faeces diagnostiek kunt u gewoon gebruik blijven maken van het faeces-potje met blauwe schroefdop.

Wij verwachten dat we met deze aanpassing in het laboratorium u en uw patiënt sneller en beter van dienst zullen zijn. Indien u vragen heeft naar aanleiding van deze brief, kunt u altijd contact met ons opnemen.

Met vriendelijke groet,

Leendert Bakker
Wendelien Dorigo
Cornelis Timmerman
Artsen microbioloog

Sanela Svraka
Moleculair bioloog

E-mail nieuwsbrief